Batistuta khởi đầu sự nghiệp năm 1988 tại đội bóng hạng Nhất Argentina, Newell's Old Boys. Một năm sau, anh gia nhập River Plate trước khi sát cánh cùng Boca Juniors năm 1990. Tại đây, bằng khả năng ghi bàn tuyệt vời của mình, anh đã chinh phục được các CLB bóng đá châu Âu.

Năm 1991, anh ký hợp đồng thi đấu cho CLB Fiorentina của Italy, rồi đưa CLB tới danh hiệu Cup quốc gia và Siêu Cup Italy năm 1995 và 1996. Năm 2000, anh chuyển tới AS Roma và cũng nhanh chóng đạt được thành công. Ngay trong mùa giải đầu tiên, Batigol đã góp công không nhỏ cùng đội giành chức vô địch Serie A. Năm 2003, anh chơi một thời gian ngắn cho Inter Milan trước khi quyết định chuyển tới Qatar. Tại đây, mùa giải năm ngoái, anh ghi được 25 bàn thắng. Thế nhưng vì chấn thương, mùa bóng này anh mới chỉ chơi 3 trận và chưa ghi được bàn thắng nào.

Batigol (biệt danh của Batistuta)thi đấu quốc tế 78 trận đấu và 56 bàn thắng cho đội tuyển Argentina. Anh từng tham dự World Cup với Argentina các năm 1994, 1998 và 2002. Trận đấu cuối cùng của anh trong màu áo sọc xanh trắng là chiến thắng trước Nigeria với tỷ số 1-0, ở World Cup 2002. Batigol cũng là thủ lĩnh của đội Argentina giành danh hiệu Copa America năm 1991 và 1993.

Cho đến nay, Batistuta vẫn là cầu thủ Argentina ghi được nhiều bàn thắng nhất cho đội tuyển quốc gia.